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Dica tirada da linux-br. Mensagem por Chaval:

Abaixo segue a experiência que tive montando o /usr em outra particão:

>Como trasferir o /usr de um Linux já instalado e funcionando para uma outra
>particao?

# Trasnforma a partição para Linux Native (supondo que a nova partição é hdx)
mke2fs /dev/hdx

# Coloca a nova partição no diretório /mnt
mount /dev/hdx /mnt

# Faz a cópia completa do /usr para o /mnt, através do tar, com verificação
dos arquivos, muito fácil, depois de algum tempo de barulheira no seu HD :)
(cd /usr && tar cvf - .) | (umask 0 && cd /mnt && tar xvfp -)

# Desmonta o /mnt (que ja tem os arquivos do /usr)
umount /mnt

# Backup!
mv /usr /old-usr

# Cria o novo /usr
mkdir /usr

# Coloca sua nova partição no diretorio /usr
mount /dev/hdx /usr

# Está feito, um teste simples? startx

# Edite o arquivo /etc/fstab adicionando a linha:
/dev/hdx	/usr	ext2	default		1	1

# reboot, veja se não ha erros na inicializacao, quando tiver certeza que
esta tudo certo:
rm -rf /old-usr

Com isso liberei cerca de 90% do espaco da particao inicial, o /usr ocupa
bastante coisa! Depois foi so instalar o ApplixWare que eu tanto queria :)
(grande mas muito bom por sinal)

Vale lembrar que o /usr contêm muitos dos seus programas, é um diretório
que sofre muita leitura, o /var é um diretório que sofre muita escrita, se
estiver usando o Linux como servidor vale a pena uma particao para o /var,
limitando assim o tamanho dos logs e tendo um controle maior sobre eles...

Nunca coloque todos os ovos na mesma cesta, quando quebra, perde tudo!

Com isso tudo aproveitei para tirar o swap de 40Mb que eu tinha no mesmo
HD, transformei ele no /var, no segundo HD criei um novo swap, desta
maneira o desempenho melhora, pois o Linux consegue ler os dois HDs ao
mesmo tempo (uma barulheira danada :D)!

Ficou entao:
/dev/hda1: MS-DOS
/dev/hda5: / (350Mb)
/dev/hda6: /usr (400Mb)
/dev/hda7: /var (40Mb)
/dev/hdb5: swap (40Mb)