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O LILO(Linux Loader) é um utilitário do linux que gerencia as partições.
Ele é usado pela maioria como um "boot manager" que divide cada boot para 
cada tipo de sistema. Nos computadores caseiros, geralmente se encontra
outros sistemas, e por isso eles utilizam o LILO para que escolham o sistema que
queira usar neste momento.

O LILO tem seu arquivo de configuração em /etc/lilo.conf
Lá ele armazena as informações necessárias para que ele faça a "divisão" de
partições.

Um arquivo de configuração comum para 2 sistemas (Linux+Win95) é esse:

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# LILO configuration file
#
# Start LILO global section
boot = /dev/hda
#compact        # faster, but won't work on all systems.
delay = 50
vga = normal    # force sane state
ramdisk = 0     # paranoia setting
# End LILO global section
other = /dev/hda3
  label = win95
  table = /dev/hda

image = /vmlinuz
  root = /dev/hda1
  label = linux
  read-only # Non-UMSDOS filesystems should be mounted read-only for checking

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Vamos agora ver as partes do arquivo passo a passo:

1. A linha: boot = /dev/hda

   Ela indica onde será o funcionamento do LILO, nesta linha, o LILO 
   está configurado para rodar no MBR. Mas podemos mudar o /dev/hda 
   para outro tipo de funcionamento. Um exemplo é colocar para funcionar
   em um disquete: substituimos o boot = /dev/hda pelo boot = /dev/fd0
   (ou fd1, fd2... dependendo daonde está seu driver de disco)

2. delay = 50

   Esta linha indica em quanto tempo a partição padrão (você verá mais 
   a frente) vai entrar automaticamente, ou seja, sem você mexer em nada.
   Essa linha está configurada para rodar em 5 segundos.

Agora vamos ver como configurar quais partições estão disponíveis.
A linha que coloca a partição disponível é...

Para uma partição linux:
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image = /vmlinuz
  root = /dev/hda1
  label = linux
  read-only # Non-UMSDOS filesystems should be mounted read-only for checking
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As únicas partes em que você deve mudar são as linhas: 

root = /dev/hda1 <--- em vez de /dev/hda1 coloque a partição linux
                               e
label = linux <--- Onde tem linux você muda se quiser por uma palavra-chave qualquer



Para uma partição de outro tipo:
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other = /dev/hda3
  label = win95
  table = /dev/hda
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As únicas partes em que você deve mudar são as linhas: 

other = /dev/hda3 <--- em vez de /dev/hda3 coloque a partição que você queira
label = win95 <--- Onde tem win95 você muda se quiser por uma palavra-chave qualquer.
                               e
table = /dev/hda <--- Você coloca em que "table" está a partição (/dev/hda3)

Pronto. E assim você vai montando um lilo.conf variado com o que você quiser.
Outra coisa é usar o liloconfig, que cria o lilo.conf com menus gráficos.
Se você tiver dúvidas, me contacte que tentarei tirá-las.